上海市崇明区由崇明、长兴、横沙三岛组成，三岛陆域总面积1413平方公里。三面环江，一面临海，西接长江，东濒东海，南与浦东新区、宝山区及江苏省太仓市隔水相望，北与江苏省海门市、启东市一衣带水。地处北亚热带，气候温和湿润，年平均气温16.5℃，日照充足，雨水充沛，四季分明。全域水土洁净，空气清新，生态环境优良。
崇明岛位于西太平洋沿岸中国海岸线的中点地区，地理位置在东经121°09′30〃至121°54′00〃，北纬31°27′00〃至31°51′15〃，地处中国最大河流长江入海口，是世界最大的河口冲积岛，也是中国仅次于台湾岛、海南岛的第三大岛屿。素有“长江门户”“东海瀛洲”之称。全岛面积1269.1平方公里。东西长80公里，南北宽13至18公里。岛上地势平坦，无山岗丘陵。西北部和中部稍高，西南部和东部略低。90%以上的土地标高（以吴淞标高0米为参照）在3.21米至4.20米之间。
长兴岛位于吴淞口外长江南水道，东邻横沙岛，北伴崇明岛。岛呈带状，东西长26.8公里，南北宽2～4公里。面积89.5平方公里，其中滩涂面积8.5平方公里，可耕地面积26.2平方公里（不包括前卫农场）。南沿有深水岸线近20公里，一般水深-12米至-16米，最深处-22米，可停靠30万吨级轮船。
横沙岛是长江入海口最东端的一个岛屿，三面临江，一面临海。背靠长兴，北与崇明岛遥相呼应，南与浦东新区隔江相望。岛呈海螺形，南北长12公里左右，东西宽8公里左右。平均海拔2.8米。总面积54.4平方公里，其中可耕地面积26.8平方公里。尚有滩涂资源0米以上20万亩、-5米以上67万亩。周边岸线30余公里，其中南端约有2公里深水岸线，水深-12米左右。
历史上，长江口北岸的发育模式是一代代沙岛或沙岛群向北并岸,形成新的江口北部岸线。明代宣德年间,巡抚周忱奏定狼山以南、宝山以北，西起福山、东迄佘山,其中水面都是崇明的境域,即所谓“以涨补坍”,使崇明常屹立于江海之间。然而，因江口沙洲的涨、坍，多涉及各地的地域分野,所以历年因争界引起的纠纷多有发生。崇明各沙洲坍涨不定,治城经历六建五迁,始得稳定。
一、主要沙洲涨坍
崇明沙洲形成至今有1400年历史。唐武德年间(618～626年),长江口积涨出两个沙洲,相隔70余里，史称西沙(又称顾俊沙)、东沙。后来“渐积高广,渔樵者依之,遂成田庐”。武则天万岁通天元年(696年),开始有渔民、樵夫在西沙定居。
北宋天圣三年(1025年),东沙北面涨出新的沙洲,最早移居开垦的为姚、刘两姓,因此称作姚刘沙,之后逐渐与东沙接壤。建中靖国元年(1101年),姚刘沙西北50余里的地方也出现一个新的沙洲,由于三次叠涨,因此名“三沙”。一说因句容朱、陈、张三姓首先居住，故而得名。至宋代，在西沙逐渐形成平等、道安、释乐3个村,之后逐渐坍塌。
元代,东沙逐渐南坍北涨，姚刘沙不断涨积,三沙也逐渐扩张。元末明初,东沙坍没大半。
明代建文年间(1399—1402年),在三沙西南30余里处涨起平洋沙。正德年间(1506—1521年),长沙露出水面,在平洋沙东南，该沙成陆后位置基本未产生迁移。在此期间,姚刘沙与西北三沙连成一片,而西沙坍塌仅剩道安一个乡。嘉靖二十九年(1550年)左右，姚刘沙坍没,三沙始坍。万历十一年(1583年),平洋沙始坍,后来坍存部分渐与长沙接壤。
明末清初，长沙开始持续涨积。清康熙元年(1662年),随江流变化,三沙大半坍没,留下东三沙和西三沙的残余。明清时期,又有大安沙、高明沙、享沙、日隆沙、富民沙、南沙等许多沙洲时东时西、忽南忽北涨坍变化。清初,以长沙为主体的沙洲相互连接形成现今崇明岛的基本形状。20世纪中期开始至今,北部滩涂与东部滩涂团结沙、东旺沙持续涨积并大规模围垦,崇明本岛面积从600余平方千米扩大至1269.1平方千米。
长兴岛、横沙岛同样是长江口的河口沙洲，其成陆过程一如长江口北岸千百年来的发展演变模式——北部沙洲并岸,新的沙洲在南部积涨。长兴岛形成于清道光年间(1821—1850年),距今170年左右。横沙岛形成于清咸丰年间(1851—1861年),有160多年历史。
二、建置变迁
五代十国时期,吴国与吴越在长江口一带争战,静海都镇遏使姚彦洪(治所在今南通市)于杨吴天祚三年(937年)在西沙设立崇明镇,崇明沙洲始有建置。
937年末，李昪取代杨吴,国号大齐,后改国号唐(史称南唐),改年号为昇元，继续管辖崇明镇。李璟继位后,崇明镇辖于静海制置院(今南通市)。显德五年(958年)，后周军队攻下南唐在江北的所有领地,废除崇明镇建置。
北宋初,恢复崇明镇建置,归通州海门县管辖。朝廷发配流刑犯人在崇明沙洲煎盐生产,崇明岛盐业从此开始。
南宋时,韩侂胄、张循王、刘婕妤各有庄园设在姚刘沙,以取渔盐之利。嘉定十五年(1222年),在姚刘沙设置天赐盐场,抽征盐税。宝庆元年(1225年),拨隶淮东总领所。
元至元十四年(1277年),崇明镇升为州,隶属扬州路。首任崇明知州薛文虎在姚刘沙天赐盐场场署旧址建立州城。改崇明镇为西沙巡检司,仅存的道安村改为道安乡。元至正十二年(1352年),旧城坍没,州城迁于原址北15里处。是为始迁，之后历经五迁六建。
明洪武二年(1369年),崇明降州为县,仍隶扬州路。洪武八年(1375年),改隶苏州府。弘治十年(1497年),崇明县兼隶于太仓州。
清顺治年间,南明御史沈廷扬、将领郑成功、张名振反攻崇明岛。顺治十六年(1659年),郑成功率领水师进攻崇明县城(今城桥镇),被总兵梁化凤带领崇明县军民顽强击退。雍正二年(1724年),崇明县专隶于太仓州。
民国时期,先后隶属于江苏南通、松江。1949年6月2日,崇明解放,隶属南通专区。1958年12月1日,改隶上海市。
2005年5月18日,经上海市人民政府报请国务院批准,原属上海市宝山区的长兴、横沙两个乡行政区域，整体建置划入崇明县。2009年11月18日,长兴撤乡建镇。
2016年3月26日，上海市委、市政府召开市委书记专题会议,研究部署崇明撤县设区工作,之后向国务院正式上报请示件。6月,国务院批复同意。7月22日,上海市委、市政府召开“崇明撤县设区”工作大会,改崇明县为崇明区。
三、历史上的大规模沙洲划拨
清雍正十三年(1735年),拨十二沙(山前、永兴、扁担、大年、小年、万盛、龙珠、三角、丁家、藤盘、杨桩、汤家)隶通州。乾隆三十三年(1768年)，割十一沙(半洋、富民、太平、乌桂、复兴、大洪、戏台、永年、大安、小安、日盛)属海门厅,崇明西北地域大为缩小。
光绪初年，与宝山县争崇宝沙，被判中分为界,而崇明县东南地境又缩小。
1928年3月1日,崇明外沙(又称北沙)划出,与海门县吕四等地,设置启东县。
四、嵊泗列岛归属与划出
清康熙二十九年(1690年),分江浙洋汛。江浙两省各派员勘定洋界,在小洋山岛立江浙分界碑。“以羊山、马迹山(泗礁山)为界。马迹山脚以南之洋岛属浙江,大羊山脚以北之洋岛属江南。”嵊泗大部分划归江南省,隶于太仓州崇明县。
1912年,嵊泗列岛隶属江苏省崇明县；1916年，属江苏省沪海道崇明县；1918年，沪海道废,由江苏省水上第一警察厅负责治安和防务,行政仍属崇明县；1934年,嵊泗列岛设区,为崇明县第五区；1946年,嵊泗列岛改为江苏省直辖区。
五、崇明治城六建五迁
由于海潮和江流的作用,长江河口沙洲的坍涨受到很大的影响,沙洲的境域很不稳定。崇明治城经历六建五迁(州治一迁，县治四迁)：
姚刘沙南坍北涨,元至正十二年(1352年),崇明州旧城坍没,州城一迁于北15里处。
永乐十八年(1420年),城南为海潮坍逼,县城二迁于北10里处秦家符(村)。
嘉靖八年(1529年),秦家符(村)县城坍没于海,县城三迁于三沙马家浜，该城存在20余年就坍没。
嘉靖三十四年(1555年),县城四迁于平洋沙,存在近30年。
万历十六年(1588年),县城五迁于长沙,城周方圆4里7分，即现今崇明区委、区政府所在地。明清时期,此县城南距长江10～15里。清嘉庆至光绪年间,长江南泓主流北偏,城南一带又被江水冲坍,县城有再次被逼迁移的危险。黄清宪、王清穆、曹炳麟等乡绅全力保坍,向清廷力争国库资金支援修筑江堤,县城得以保全。
上海市政府批准《崇明三岛总体规划（2005-2020）》，将崇明本岛定位为综合生态岛，进一步明确要在崇明、长兴、横沙三岛联动发展中，推进崇明本岛的生态建设。
联合国环境规划署在上海发布《《崇明生态岛国际评估报告》，把崇明生态岛建设作为典型案例，编入其绿色经济教材。
上海市政府原则同意《上海市崇明区总体规划暨土地利用总体规划（2017-2035）》，到2035年，崇明将建设成为具有全球引领示范作用的世界级生态岛。
1月20日，上海市政府公布《崇明生态岛建设纲要（2010—2020）》，提出了崇明生态岛建设指标体系及分阶段目标，力争到2020 年形成崇明现代化生态岛建设的初步框架。
上海市政府公布《崇明世界级生态岛发展“十三五”规划》，以更高标准、更开阔视野、更高水平和质量推进崇明生态岛建设。
根据《上海市崇明区总体规划暨土地利用总体规划（2017-2035）》，到2035年，崇明将建设成为在生态环境、资源利用、经济社会发展、人居品质等方面具有引领示范作用的世界级生态岛，成为世界自然资源多样性的重要保护地、鸟类的重要栖息地,成为长江生态环境大保护的示范区、国家生态文明发展的先行区。
未来的崇明，生态地区是和谐自然的，“沙静明月虫雀归”；乡村是舒朗有序的，“榆柳荫后檐，桃李罗堂前”；城镇是紧凑集约的，“小而适宜，素雅精致”。城镇与乡村之间，人类与自然之间，生态保护与建设之间都将呈现最有机的融合与和谐。
以“+生态”战略厚植生态基础：+生态底线、+生态资源、+生态网络、+生态节点、+生态修复。
以“生态+”战略提升生态价值：生态+活力、生态+动力、生态+魅力。
2020年崇明气温偏高，降水偏多，日照偏少，影响台风3个。
气温：年平均气温16.6℃，比常年偏高0.8℃。年极端最高气温36.5℃（8月13日、14日）,年极端最低气温-7.6℃（12月31日）。年内高温日数6天，比常年偏多1天。全年无霜期255天，较常年（232天）偏多。
降水：年总降水量1607.6毫米，较常年明显偏多478.7毫米；年降水日数140天，比常年（126.7天）偏多，年暴雨日数6天，是常年3天的2倍，日最大降水量为172.3毫米（7月6日）。汛期（6—9月）总降水量达1122.3毫米，约为常年值（615.2毫米）的1.8倍，仅次于历史最多1261.9毫米（1999年），是崇明有气象记录以来第三次出现汛期降水量超1000毫米；降水日数59天，比常年偏多11.1天。6月9日入梅（常年6月17日），7月21日出梅（常年7月12日），梅雨期42天（常年25天），梅雨量632.1毫米，约为常年梅雨量（251.9毫米）的2.5倍，是崇明有气象记录以来第三多。
日照：年总日照时数1640.7小时，比常年（1973.9小时）偏少，为历史第三少。
台风：全年共有3个台风影响崇明区，且首次出现7月无台风，其中8月初受台风“黑格比”影响较大。
崇明地处长江入海口，崇明、长兴、横沙三岛均受沿海潮汐影响，属平原感潮河网地区，周围潮汐属非正规浅海半日潮型，流向基本为往复流。
2020年，崇明区年平均降水量为1432.7毫米，比多年平均降水量多319.1毫米，属丰水年年份。其中崇明岛年平均降水量为1446.7毫米；长兴岛年平均降水量为1434.6毫米；横沙岛年平均降水量为1283.9毫米。
2020年崇明区梅雨期（6月9日—7月20日）平均降水量为576.3毫米，比多年平均梅雨期降水量多342.1毫米；汛期（6月1日—9月30日）平均降水量为965.1毫米，比多年平均汛期降水量多321.2毫米。2020年汛期，崇明区共出现19场暴雨以上强度的降雨，其中50～100毫米暴雨268点次，100毫米以上大暴雨68点次，最大1日降水量出现在7月6日竖新跃进站169.0毫米，未超崇明最大1日降水量历史记录（2018年9月16日，草棚镇站349.5毫米）。2020年汛期，成功应对“黑格比”台风影响，崇明区平均降水量46.1毫米。
2020年崇明地区潮位属平水年潮位，其中崇明岛南侧崇西闸站年最高高潮位5.09米（7月24日），崇明南门站5.03米（9月3日），堡镇站4.92米（9月3日），崇明岛北侧新村沙站年最高高潮位5.19米（9月2日）；横沙岛共青圩站年最高高潮位为4.73米（9月3日）。
2020年崇明区年平均水面蒸发量为848.4毫米（E601型蒸发器），比多年平均年蒸发量多48.5毫米。以堡镇站为例，年蒸发量为842.3毫米，最大月蒸发量达140.0毫米（8月），最大日蒸发量6.5毫米（8月15日）。
上海崇明东滩鸟类国家级自然保护
东滩鸟类国家级自然保护区位于崇明岛最东端，总面积241.55平方公里，属长江口典型的河口湿地，列入国际重要湿地名录。保护区拥有丰富的底栖动物和植被资源，是中国规模最大、最为典型的河口型潮汐滩涂湿地之一，在候鸟迁徙网络中具有重要地位，也是我国水鸟的重要中途停歇地和越冬地。东滩记录到的鸟类多达290种，国家一级保护的鸟类有东方白鹳、黑鹳、白头鹤、白尾海雕4种，国家二级保护动物35种，如黑脸琵鹭、小天鹅、灰鹤、鸳鸯、小杓鹬、小青脚鹬等，每年近100万只迁徙水鸟在此栖息或过境。
上海市长江口中华鲟自然保护区
中华鲟，国家一级保护动物，被誉为“水中熊猫”和“爱国鱼”。上海市长江口中华鲟自然保护区位于崇明岛东端，总面积约696平方公里，主要保护对象是长江口以中华鲟为主的水生野生生物及其栖息生态环境，是中华鲟唯一的“幼儿园”，特有的“待产房”，又是重要的“产后护理场所”；是中华鲟生命周期中唯一的、数量最集中、栖息时间最长、顺利完成各项生理调整，同时又最易受到侵害的天然集中栖息场所；也是其他鱼类洄游的重要通道和索饵产卵的重要场所，有着很高的保护价值。
西沙•明珠湖
位于崇明岛西南端，西沙湿地和明珠湖公园以江堤相隔，以彩虹桥相连。西沙国家湿地公园总面积约4500亩，是崇明岛国家地质公园的核心组成部分，是上海目前唯一具有自然潮汐现象和成片滩涂林地的自然湿地。明珠湖公园占地面积为6500亩，其中水域面积达3000亩，是崇明最大的天然淡水湖泊。明珠湖公园有潭深水清的湖泊、曲径通幽的森林，园林与湖泊交相辉映。明珠湖丰富的水产资源孕育了独特的鱼文化，路亚钓吸引了国内外垂钓爱好者。
东平国家森林公园
东平国家森林公园位于崇明岛中北部，总面积5400亩，是华东地区最大的人造平原森林。园内森林繁茂、湖水澄碧、百鸟鸣唱、野趣浓郁，以“幽、静、秀、野”为特色。根据《崇明世界级生态岛发展“十三五”规划》，公园拟打造植物多元化发展的“海上森林花岛”大地景观，并融合科技文明的元素，形成集景观、科研科普、生态旅游和“互联网+”花卉交易模式的智能型的森林植物花卉园。
青草沙水库
青草沙水库位于长兴岛西北侧、长江口南支下段南北港分流口水域，是目前亚洲最大的河口浅滩型水库，是上海市的主要水库。青草沙水库2011年6月8日正式建成通水投入运行，供应的原水总量占全市原水总量比重超过50%，受益人口1300万人。
长兴郊野公园
长兴岛郊野公园位于万里长江入海口处，一期面积5.56平方公里，是上海一期规划建设中规模最大的郊野公园。公园分为综合配套区、休闲运动区、农事体验区、橘园风情区、森林涵养区五大区域，均以生态杉林、河流溪岸、橘园果林和农田菜地等为基底改造而成，具有“自然、生态、野趣”的特色。
多廊：
包括1条市级生态走廊和10条区级生态走廊，串接生态基本片区及重要生态源地，构建崇明区生态骨干网络
崇西、崇北和崇东是代表崇明区旅游特色与品牌资源的三大空间片区。
崇西生态旅游发展片重点整合西沙、明珠湖及农场资源，拓展度假疗养、运动休闲、农业科创功能。
崇北生态旅游发展片重点挖掘东平森林公园及北部连绵农场，发展高效生态农业，传承垦拓文化，拓展文化创意、休闲旅游、森林度假等功能。
崇东生态发展片重点加强东滩及周边地区生态保育，建设国家级鸟类自然保护区和中华鲟自然保护区，适度拓展智慧创新、健康疗养、生态教育等功能。优化提升片区内部传统城镇空间，构建特色小镇功能节点，引导组团化、风景化的用地布局。
崇南和崇中是代表崇明区本地城镇特色和乡村特色的两条空间带。
崇南滨江城镇带重点将吸引人口和建设活动向此集中，提升公共服务水平，形成集约化、组团化的活力滨江城镇格局。
崇中乡村野趣带重点彰显特色风貌与田园风景，打造以特色村及特色村区为依托的乡村野趣区域，留存和延续乡愁。
长兴和横沙是代表崇明区战略性功能板块和留白的两个片区。
长兴作为崇明区最主要的智能制造功能板块，重点发展海洋装备产业，完善配套城市功能，加强环境保护。
横沙作为战略储备和预留空间，是建设崇明世界级生态岛先行示范区，以保护保留为主，塑造“原味横沙”
构建“核心镇-中心镇-一般镇-小集镇-村落”五级城乡体系，规划五个城镇圈，制定差别化的发展策略。规划至2035年形成“1-7-10-20-X”的城乡空间体系，即1个核心镇镇区，7个中心镇镇区，10个一般镇镇区，20个左右的小集镇社区，X个自然村落。
以五大城镇圈为抓手统筹三岛资源要素，挖掘空间发展潜力。包括两个综合发展型城镇圈，分别为城桥城镇圈、长兴城镇圈；三个生态主导型城镇圈，分别为东滩（陈家镇）城镇圈、西沙（三星）城镇圈、东平-海永-启隆城镇圈。
规划至2035年，依托干线公路和以轨道交通为主体的骨干交通系统，构建60分钟交通圈，其中崇明重点地区至上海主城区60分钟可达，城桥核心镇至区内中心镇45分钟互通，城镇圈内30分钟覆盖。
优化对外跨江通道布局，形成东、西对外双通道格局。其中，东线通道由G40沪陕高速和轨道交通崇明线组成，主要承担陈家镇、长兴岛等东部乡镇的对外联系功能；西线通道由S7沪崇高速和轨道交通沪崇线组成，主要承担城桥镇等西部乡镇的对外联系功能。
面向全球开展农业精准招商，上海崇明智慧生态花卉园、由由崇明中荷现代农业创新园、正大崇明蛋鸡场等重大农业项目相继建成投产。发布实施全国首份农业绿色发展负面行为清单，建成绿色投入品封闭式管控体系，创新推出“两无化”大米、蔬菜等特色种植，绿色优质农产品认证率达到92.2%，获评国家农产品质量安全县、全国首批农业绿色发展先行区，农业绿色发展指数连续两年位列全国第一。
