上海市崇明区规划和自然资源局内设机构：

（一）办公室

（二）组织人事科

（三）规划管理科

（四）市政工程管理科（历史风貌保护科）

（五）建筑工程管理科

（六）用地管理科

（七）自然资源调查与登记管理科

（八）征地补偿科

（九）法制科

上海市崇明区规划和自然资源局所属事业单位：

（一）上海市崇明区规划和自然资源局执法大队

（二）上海市崇明区城建档案管理中心

（三）上海市崇明区地名管理和规划展示中心

（四）上海市崇明区规划和自然资源管理所

（五）上海市崇明区自然资源确权登记事务中心

（六）上海市崇明区土地储备中心