上海市崇明区卫生健康委员会机关行政编制33个。内设党政办公室、干部人事科、党群工作科、财务科、医政科（医疗应急办公室）、综合监督科、疾病预防控制科、健康促进科、基层卫生健康科、人口监测与家庭发展科、中医药管理办公室11个科室。下属医疗卫生单位32家。其中，区级综合性医院4家：上海健康医学院附属崇明医院（上海新华医院崇明分院）、上海市第十人民医院崇明分院、上海市崇明区第三人民医院（岳阳医院崇明分院）、上海交通大学医学院附属新华医院长兴分院（上海市崇明区长兴人民医院）；社区卫生服务中心18家：崇明区绿华镇社区卫生服务中心、崇明区新村乡社区卫生服务中心、崇明区三星镇社区卫生服务中心、崇明区庙镇社区卫生服务中心、崇明区港西镇社区卫生服务中心、崇明区城桥镇社区卫生服务中心、崇明区建设镇社区卫生服务中心、崇明区新河镇社区卫生服务中心、崇明区竖新镇社区卫生服务中心、崇明区港沿镇社区卫生服务中心、崇明区堡镇社区卫生服务中心、崇明区向化镇社区卫生服务中心、崇明区中兴镇社区卫生服务中心、崇明区陈家镇社区卫生服务中心、崇明区长兴镇社区卫生服务中心、崇明区横沙乡社区卫生服务中心、崇明区新海镇社区卫生服务中心、崇明区东平镇社区卫生服务中心；区级公共卫生单位7家：崇明区精神卫生中心、崇明区传染病医院、崇明区康乐医院；崇明区疾病预防控制中心（崇明区卫生健康监督所）、崇明区妇幼保健所、崇明区血站、崇明区医疗急救中心；其他卫生健康单位3家：崇明区卫生学校、崇明区卫生综合管理服务中心、崇明区卫生健康促进指导中心。